swissTB award 2014
PhD Olga T. Schubert
Das Ziel unserer Forschung ist die Entwicklung neuer Technologien für die Identifizierung und Quantifizierung von Proteinen des Tuberkulosebakteriums, um mehr darüber zu erfahren, wie der Krankheitserreger Zellen infiziert, sich im menschlichen Körper einnisten und überleben kann. Wir haben eine Datenbank entwickelt, die WissenschaftlerInnen hilft, die Anzahl eines oder mehrerer bestimmter Proteine eines Tuberkulosebakteriums rasch und mit hoher Genauigkeit zu messen. Solche Messungen werden typischerweise mit einem Massenspektrometer gemacht, mit einer Methode namens „Selected Reaction Monitoring“ (SRM). Bisher mussten WissenschaftlerInnen, wenn sie beispielsweise gezielt einen biologischen Prozess im Tuberkulosebakterium untersuchen wollten, entweder einen Antikörper oder einen sogenannten SRM-Assay für das gesuchte Protein entwickeln, was beides zeitaufwändige und kostspielige Unterfangen sind. In unserer Datenbank stellen wir SRM-Assays für 97% aller beschriebenen Proteine im Tuberkulosebakterium zur Verfügung. Dank dieses neuen „Nachschlagewerks“ können WissenschaftlerInnen nun direkt die gewünschten Proteine untersuchen, ohne zuerst einen Assay entwickeln zu müssen. Die präzise Quantifizierung der Proteine des Tuberkulosebakteriums, nicht nur in Flüssigkulturen, sondern auch in komplexen Proben, wie zum Beispiel infizierten humanen Makrophagen, Blut- oder Lungengewebeproben ist wichtig um zu verstehen, wie sich das Bakterium an verschiedene Bedingungen im Körper anpasst und wo potentielle Angriffspunkte für neue, effizientere Medikamente oder Impfstoffe liegen könnten.
Publikation
Olga T. Schubert1,2, Jeppe Mouritsen1,3, Christina Ludwig1, Hannes L. Röst1,2, George Rosenberger1,2, Patrick K. Arthur4, Manfred Claassen1, David S. Campbell5, Zhi Sun5, Terry Farrah5, Martin Gengenbacher6, Alessio Maiolica1, Stefan H.E. Kaufman6, Robert L. Moritz5, Ruedi Aebersold1,7
1 Institute of Molecular Systems Biology, ETH Zurich
2 Systems Biology Graduate School, Zurich
3 Molecular Life Sciences Graduate School, Zurich
4 Department of Biochemistry, Cell and Molcular Biology, University of Ghana, Accra
5 Institute for Systems Biology, Seattle
6 Department of Immunology, Max Planck Institute for Infection Biology, Berlin
7 Faculty of Science, University of Zurich, Zurich